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大數據+”助推生命科學、醫學、農業創新發展!ICG-15國家基因庫分論壇精彩回顧

財訊網 | 2020-10-28 17:15:02

10月25日至31日,第十五屆國際基因組學大會(ICG-15)在中國武漢隆重召開。作為組學領域最有影響力的年度會議之一,ICG-15共設22個分論壇,來自21個國家的160多位科學家(包括13位中國科學院或工程院院士)通過線上、線下兩大渠道,帶來一場頂級學術盛宴。

10月27日,由深圳國家基因庫承辦的“大數據分析與生物樣本庫”(Ⅲ-1)和“未來農業、未來食品與全球發展”(Ⅲ-5)兩場分論壇舉行,13位國內外知名資深專家受邀出席,以專題報告分享最新科研成果、權威應用經驗及獨到的行業洞見,串聯基因組技術、大數據技術和未來農業,發掘生命科學、臨床醫學、未來農業研究的創新機遇。

上圖:深圳國家基因庫承辦的分論壇現場

在此期間,國家基因庫生命大數據平臺(CNGBdb)重磅發布生命大數據可信計算平臺CODEPLOT,將生命大數據的安全共享和利用轉化帶上了一個新臺階。

“大數據分析與生物樣本庫”論壇

“大數據分析與生物樣本庫”(Ⅲ-1)于上午8:35正式開始。首先,分論壇聯合主席、中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心主任馬俊才進行了開場致辭,他對與會嘉賓的到來表示熱烈歡迎,指出大樣本、大數據背景下的科學研究正面臨新挑戰,希望通過本次分論壇的跨領域交流,和與會專家們共同發掘生物樣本庫、大數據分析技術等方面的融合創新方向。

中國科學院計算機網絡信息中心科學數據中心主任黎建輝教授以《開放共享的數據規則、政策和實踐》為題,介紹了全球開放數據政策和FAIR數據原則,并分享了一些值得借鑒的實踐經驗。

日本國家遺傳學研究所DDBJ中心數據庫部負責人Yasukazu Nakamura教授作以《DDBJ和INSDC》為題,介紹了目前DDBJ以及INSDC的核苷酸序列產出、互通和數據庫建設情況。

生物芯片上海國家工程研究中心主任郜恒駿教授在《以樣本為基石的新型臨床轉化醫學CBDTM模式:19年探索》報告中,分享了生物芯片上海國家工程研究中心創立19年來所踐行的的CBDTM發展宗旨與模式,指出該模型與臨床轉化醫學的整合極大地推動了新型臨床醫學的學科建設和個性化精準醫療的發展。

默多克大學高級講師王鵬浩博士以《基因型與環境數據相結合精確預測大麥表型》為題,介紹了其團隊利用小麥基因型和環境多因素建立的GxE模型,指出從原理上講,該模型有助于培育高產量的作物品種,并對作物的關鍵表型發育情況進行準確預測。

英特爾公司首席工程師兼解決方案架構師Michael J. McManus博士以《基因組學將改變健康的3種方式》為題,介紹了新生抗原在癌癥治療中的應用、組織基因組學及其在精準醫療中的創新實踐、基因組技術在對抗COVID-19大流行中的作用。

GigaScience、GigaByte雜志主編Scott Edmunds博士以《GigaByte:發布大規模基因組的新平臺》為題,從數據出版的視角介紹了GigaByte如何幫助科研人員快速簡便地分享研究成果,高效展現大數據研究的持續進展,促進數據、軟件、計算工作流等的再利用。

CNGBdb重磅發布生命大數據可信計算平臺CODEPLOT

“大數據分析與生物樣本庫”論壇上,國家基因庫生命大數據平臺(CNGBdb)重磅發布生命大數據可信計算平臺CODEPLOT(https://db.cngb.org/codeplot/)。國家基因庫副研究員丁遠彤博士以《可信環境下的計算平臺》為題,詳細介紹了CODEPLOT的具體功能及使用場景。

上圖:丁遠彤博士介紹CODEPLOT

CODEPLOT是一個集可信計算環境和多元化在線分析工具于一體的生命大數據分析平臺,也是國內首個將數據加密、區塊鏈、安全多方計算、基因安全容器虛擬化等最新安全策略應用于生命大數據分析利用和合作共享的平臺。該平臺以數據匯交模塊存儲的海量數據為支撐,以靈活工作空間管理模式為核心,同時提供多元化分析工具,全面打通各科研機構之間的數據孤島,突破數據分析門檻,提升數據利用率,促進重大科研項目合作共享及成果轉化。

CODEPLOT由CNGBdb團隊設計開發,由華大磐石提供安全相關的技術支持。CODEPLOT的正式發布獲得現場及線上專家的廣泛認可及關注,其正式上線意味著生命大數據的安全共享和利用轉化上了一個新臺階。

上圖:生命大數據可信計算平臺CODEPLOT

“未來農業、未來食品與全球發展”論壇

晚上19:00,“未來農業、未來食品與全球發展”(Ⅲ-5)論壇正式開始,聯合國糧食及農業組織首席科學家Ismahane Elouafi博士進行了精彩的開場致辭,她表示快速發展的基因測序和組學技術為農業生產力及營養質量提升提供了全新的解決方案,本次分論壇的舉行對于促進可持續目標下的未來農業發展有重要意義。

隨后,加州大學戴維斯分校食品科學與技術系食品健康研究所主任、“食物元素周期表”計劃 (PTFI)首席科學家Bruce German博士和加州大學戴維斯分校農業與環境科學學院高級研究員Howard Shapiro博士針對PTFI及其國際合作做了詳細報告。

PTFI是洛克菲勒基金會于2019年發起的一項全球計劃,旨在建立一個食物生化成分和功能的公共數據庫,加速未來農業和未來食品的研究和創新,解決生物多樣性喪失、土壤健康下降、兒童營養不良、食物過敏、疾病等全球農業和健康問題。

中國農業科學院(深圳)農業基因組研究所研究員黃張春芝博士以《利用基因組學工具重新設計基因及馬鈴薯生產》為題,展示了“優薯計劃”相關科研成果,利用基因組學和合成生物學技術,對馬鈴薯育種和繁殖方式進行顛覆性創新,實現二倍體馬鈴薯育種,引領馬鈴薯產業綠色革命。

深圳國家基因庫主任、分論壇主席王韌博士發表《深圳國家基因庫:資源保藏、基因數字化、組學大數據,助力未來糧食、農業發展》主題報告,介紹了國家基因庫三庫兩平臺(生物樣本資源庫、生物信息數據庫、生物活體庫、數字化平臺、合成與編輯平臺)的業務架構,以及以此為基礎推出的生命大數據平臺(CNGBdb),并著重闡述了國家基因庫在支撐農業資源保藏、促進信息數字化、推動數據庫建設及分析工具開發等方面的國際合作進展與成果。

他指出,長期以來,國家基因庫將測序數字化作為對包括種子資源在內的各種農業遺傳資源進行永久保藏和可持續利用的重要手段,將生物樣本與組學數據貫穿起來。這一獨特范式有利于深入開展科學研究、持續探索農業遺傳資源的核心秘密,對于未來農業和未來食品的可持續發展將起到不可限量的基礎作用。

上圖:王韌博士做主題演講

最后,王韌博士代表深圳國家基因庫對各位與會嘉賓的到來再次表示感謝,并展望了未來農業的可持續發展方向,期待更多具有世界領先水平的重大科學發現和原創性的技術突破引領未來農業創新發展。

在由深圳國家基因庫承辦的“大數據分析與生物樣本庫”(Ⅲ-1)和“未來農業、未來食品與全球發展”(Ⅲ-5)兩場ICG-15分論壇上,與會的國內外專家就數據安全與共享、大數據/基因組技術創新實踐、未來農業發展新模式建言獻策,在現場及線上的千余位專家、來賓中引發了強烈反響和熱烈討論。兩場分論壇的成功舉辦,為多領域交叉融合搭建了一座高水準、國際化的溝通交流平臺,有效助推大數據賦能生命科學、醫學、農業創新發展。

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